对于不同类型的农产品，农药残留第三方检测机构在检测方法上存在以下差异：

1. 农产品基质特性影响检测方法选择：水果、蔬菜等水分含量高的农产品，多采用液相色谱法（HPLC）或液相色谱-质谱联用法（LC-MS/MS），因其能有效分离极性化合物；而谷物、坚果等含水量低且成分复杂的样品，则优先选择气相色谱法（GC）或气相色谱-质谱联用法（GC-MS/MS），以应对热稳定性差异。

2. 目标农药类型决定技术路线：针对有机磷、氨基甲酸酯类农药，酶抑制法因其快速便捷的特性被广泛用于初筛；而有机氯、拟除虫菊酯类农药则需依赖GC-MS/MS或LC-MS/MS等高灵敏度方法进行确证检测，确保定量准确性。

3. 前处理工艺适配产品特性：叶菜类蔬菜因表面积大易吸附农药，需强化提取步骤并采用固相萃取（SPE）净化；柑橘类果皮厚且含蜡质层，需增加脱蜡处理并优化溶剂体系；谷物类样品则需通过粉碎、脱脂等步骤降低基质干扰，确保检测结果可靠性。